Peletakan batu asas Sekolah Menengah kebangsaan Agama Lati, Pasir Mas telah disempurnakan oleh YAB Datuk Seri Najib Bin HajiTun Abdul Razak iaitu Menteri Pendidikan Malaysia pada tahun 1998 dan pembinaannya bermula pada tahun 1999. Dalam tempoh 3 tahun pembinaannya maka tanggal 13 Januari 2002 bangunan ini dengan rasminya beroperasi dengan menerima 210 orang pelajar tingkatan satu.
Seterusnya pada bulan Februari pada tahun yang sama juga sekolah ini seterusnya telah menerima 69 orang pelajar tingkatan 4. Dengan kapasiti pelajar berjumlah 279 orang pelajar, sebanyak 7 buah kelas telah menempatkan pelajar tingkatan satu dan 2 buah kelas telah menempatkan pelajar tingkatan empat.
Pada peringkat awal operasinya, sekolah ini telah diterajui oleh Tuan Haji Ghazali Bin Abd Rahman yang menjawat jawatan sebagai Penolong Kanan Pentadbiran dan dibantu oleh Tuan Haji Jusoh Bin Omar sebagai Penolong Kanan HEM. Seterusnya tanggal 16 Mac 2002, Sekolah Menengah Kebangsaan Agama Lati telah menyambut kedatangan Pengetuanya yang sulung iaitu Tuan Haji Abd Rahman Bin Mahmood dan dengan ini bertambah mantaplah kepemimpinan yang ada di Sekolah Menengah Kebangsaan Agama Lati.
Dari setahun ke setahun bermula dari tahun 2002 dengan serba kekurangan, kini kelengkapan logistiknya telah bertambah dan secara keseluruhannya. Kini pada tahun 2005 keseluruhan pengurusan, guru-guru dan staf sokongan sekolah ini semakin bertambah dan operasinya berjalan semakin lancar sesuai dengan perubahan masa yang berlaku.
Para pelajar tingkatan 5 sekolah ini buat kali pertamanya telah menduduki Peperiksaan Sijil Pelajaran Malaysia dalam tahun 2003 dan hasilnya pada tahun 2004 kejayaan yang sangat baik telah dicapai oleh pelajar- pelajar ini. Keputusannya seorang pelajar memperoleh 11A, dua orang memperoleh 10A dan masing- masing seorang memperoleh 9A dan 8A, dengan gred purata keseluruhannya ialah 3.48. Seterusnya pada tahun 2005 kejayaan dalam SPM terus dijulang iaitu pelajar sekolah ini memperoleh gred purata keseluruhannya ialah 3.39 dan dijangkakan kejayaan dalam SPM akan diteruskan dari setahun ke setahun.
Begitu juga dalam pencapaian dalam peperiksaan Penilaian Menengah Rendah, buat pertama kalinya pelajar sekolah ini menduduki peperiksaan pada tahun 2004 dan pelajar sekolah ini mencapai keputusan yang sangat baik iaitu seramai 15 orang memperoleh 9A dan 20 orang pelajar memperoleh 8A dengan gred purata keseluruhannya ialah 1.55. Seterusnya pada tahun 2005 kejayaan ini terus dicapai dalam peperiksaan PMR iaitu seramai 22 orang telah memperoleh 9A dan 34 orang memeperoleh 8A dengan gred purata keseluruhanya ialah 1.39.
Sementara itu dalam bidang kokurikulum yang pernah dicapai oleh warga sekolah ini ialah pada tahun 2003 seorang pelajar sekolah ini telah mewakili negeri Kelantan ke Perkhemahan Kadet Bomba peringkat kebangsaan dan beberapa orang peserta kita telah menjadi naib johan keseluruhan dalam pertandingan teokwando (ITF) negeri Kelantan. Kejayaan ini terus dicapai oleh pelajar- pelajar sekolah ini dalam tahun 2004, antaranya ialah juara Koagama Jabatan Pendidikan Kelantan, naib johan Pertandingan Nasyid negeri Kelantan dalam Festival Nasyid dan kemuncaknya dalam tahun ini seorang peserta perempuan sekolah ini memenangi naib johan Tilawah al-Quran Peringkat Kebangsaan.
Dalam tahun 2005 pula, pelajar- pelajar sekolah ini turut menempa kejayaan dalam beberapa bidang yang disertai antaranya, johan Cawangan Rantau panjang dan naib johan pertandingan bola jaring peringkat PPD Pasir Mas / Tumpat, naib johan Nasyid Kebangsaan (SLAD), Naib Johan Kebangsaan dalam Pertandingan Syarahan Agama kategori lelaki dan perempuan Peringkat Kebangsaan. Sekolah ini juga mensasarkan pada tahun 2006 pelajar- pelajar sekolah ini akan terus memperoleh kejayaan yang cemerlang dalam bidang kokurikulum. Kejayaan terkini dan masih menjadi kebanggaan warga SMK Lati ialah apabila menduduki tempat ketiga Kebangsaan dalam pertandingan 3K ( Keselamatan, Keceriaan dan Kesihatan) pada tahun 2005.
Dari segi penambahan pelajarnya, bermula dengan 279 orang pelajar pada tahun 2002 jumlahnya bertambah dari semasa ke semasa iaitu sejmlah 420 orang pelajar pada tahun 2003, 2004 sejumlah 519 orang pelajar dan pada tahun 2006 dianggarkan jumlah pelajar di sekolah ini ialah 671 orang yang merangkumi pelajar dari tingkatan satu hingga tingkatan 5. Ternyatalah, dengan kewujudan Sekolah Menengah Kebangsaan Agama Lati di daerah Pasir Mas sememangnya sangat dinanti- nantikan oleh masyarakat sekitar kerana secara tidak langsung kesan pembangunan di pekan Lati ini seumpama “cendawan tumbuh selepas hujan”.
Akhirnya, sekolah ini juga merupakan Sekolah Menengah Agama yang ke-55 ditubuhkan di Malaysia dan merupakan Sekolah Agama yang ke-6 kelahiran di negeri Cik Siti Wan Kembang. Seterusnya kita yakin sekolah ini akan terus berkembang untuk mengisi kekosongan dalam penyediaan modal insan di negara kita.Pada tahun 2007 SMKA LATI dinobatkan sebagai sekolah cemerlang oleh Kementerian Pelajaran Malaysia.
